سه مرد محکوم به اعدام بخشیده شده و به «جلادان سایه» تبدیل می‌شوند؛ گروهی از نینجاهای بی‌رحم که برای مقامات عالی‌رتبه مرموز کار می‌کنند. در طول تحقیقات درباره یک تجارت غیرقانونی، یکی از آن‌ها به نام «یازوکِ افعی»، دختر رها شده خود، اوچو را پیدا می‌کند که اکنون معشوقه دنزو، یک قاچاقچی شده است. پس از مرگ یازوکه، اوچو نیز به عنوان یک «جلاد سایه» استخدام می‌شود تا ماموریت پدرش را به پایان برساند.

ایوری که توسط یک خانواده برای کارهای خدماتی از یتیم‌خانه آورده شده است، فرار می‌کند و توسط دو مرد جوان به فرزندی پذیرفته و بزرگ می‌شود. ده سال بعد، مسیر او با ناخواهری سابقش تلاقی می‌کند؛ کسی که مدتی بعد بر اثر مسمومیت می‌میرد و ایوری مظنون اصلی پرونده می‌شود.

در اواخر جنگ جهانی دوم، یک پزشک ژاپنی به نام آکاگی در یک اردوگاه اسیران جنگی، به دنبال راهی برای درمان بیماری هپاتیت می‌گردد.